As células-tronco (CT) podem ser classificadas de acordo com o tecido de origem em CT adultas e CT embrionárias. Quanto à capacidade de diferenciação, as CT embrionárias podem ser classificadas em CT totipotentes, CT pluripotentes e CT multipotentes, enquanto as CT adultas podem ser classificadas em CT oligopotentes e CT unipotentes. De acordo com a Lei de Biossegurança que regulamenta a utilização das células-tronco, apenas embriões de até 14 dias e que estejam congelados há pelo menos três anos podem ser liberados para pesquisa científica.

São tipos de células obtidas a partir desses embriões: